La letra de la canción relata la historia de amor entre dos jóvenes adolescentes llamados Braulio y Dana. Ambos son representados como jóvenes moderados que llevan una vida que cumple con todas las expectativas socialmente esperadas: cumplen horarios, son discretos, moderados y sobrios. A raíz de un encuentro sexual, Dana queda embarazada. El temor a la condena social por su embarazo adolescente y extramatrimonial la motiva a realizarse un aborto clandestino ("Y antes de que el vecino y la familia supieran, fuiste donde el doctor a acabar con el problema"). Como consecuencia del aborto, Dana pierde su vida y Shakira contrasta lo que perdió con la tranquilidad con que siguió la vida de quienes la podían juzgar ("Tu vecino está en casa, dándose un buen duchazo, y tú dos metros bajo tierra viendo crecer gusanos").
Como la canción "Pies descalzos, sueños blancos", "Se quiere, se mata" condensa muchas observaciones sobre las convenciones sociales y sus efectos sobre el comportamiento de las personas.
Braulio tiene ojos grandes y cabellos oscuros, nunca come en exceso y jamás duerme desnudo siempre viste de gris, pues no tiene remedio la tendencia a buscarse siempre el punto intermedio Dana es niña de bien, eso dicen sus padres nunca llega a su casa a más de diez ni muy tarde, Braulio y Dana se quieren como cualquier pareja pero un día fueron presa de la naturaleza y de sus propios instintos no escaparon con suerte con el fuego por dentro y las hormonas presentes por la ley del magneto se acercaron los cuerpos Pero si a la hora del té nada pasa, oh oh oh solo te irás lejos de casa oh oh oh por haber traido un habitante más a ingresar a esta podrida ciudad dónde lo que no se quiere se mata...se mata Ese día llegaste un poco más de las diez pero el susto se dió unas semanas después cuando te confirmaron tus terribles sospechas un niño nacería y ya sabías la fecha y antes de que el vecino y la familia superian fuiste dónde el doctor a acabar con el problema hoy tu vecino esta en casa dándose un buen duchazo y tu 2 metros bajo tierra viendo crecer gusanos Pero si a la hora del té nada pasa, oh oh oh solo te irás lejos de casa oh oh oh por haber traido un habitante más a ingresar a esta podrida ciudad dónde lo que no se quiere se mata...se mata