"Clocks" se concebió durante las últimas sesiones de grabación del segundo álbum de Coldplay, A Rush of Blood to the Head. El vocalista Chris Martin llegó a altas horas de la noche al estudio, de pronto un acompañamiento de piano acudió a su mente y decidió escribirlo. Según Martin, "Clocks" se inspiró en la banda británica Muse. Martin presentó su idea al guitarrista Jon Buckland, quien le añadió acordes al tema básico: "Él [Jon Buckland] tomó su guitarra (una certera señal de que le gustaba la canción) y tocó esos brillantes acordes... Fue como el proceso de una reacción química".
La letra de la canción presenta contradicciones y tiene un tono de desesperación. Chris Martin canta, según sus propias palabras, sobre un estado de "impotencia [...] en una relación disfuncional que no puede terminarse". La letra es críptica, y los versos finales de la segunda estrofa resaltan aun más esta característica: "Come out upon my seas/Cursed missed opportunities/Am I a part of the cure/Or am I part of the disease?". El título de la canción a la vez "alude metafóricamente" a la letra, "empujando al oyente a reflexionar sobre la obsesión del mundo con el tiempo, y lo conecta con la idea de que hay que aprovechar mientras estamos aquí, vivos y presentes".
Lights go out and I can't be saved Tides that I tried to swim against You've put me down upon my knees Oh I beg, I beg and plead (singing) Come out of things unsaid, shoot an apple of my head (and a) Trouble that can't be named, tigers waiting to be tamed (singing) You are, you are Confusion never stops, closing walls and ticking clocks (gonna) Come back and take you home, I could not stop, that you now know (singing) Come out upon my seas, curse missed opportunities (am I) A part of the cure, or am I part of the disease (singing) You are [x6] And nothing else compares Oh no nothing else compares And nothing else compares You are [continues in background] Home, home, where I wanted to go [x4]